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注册地在深圳但工厂在东莞的企业是存在的。这种情况通常是由于多种因素决定的，例如租金、劳动力成本、交通和供应链等。深圳和东莞都是广东省的重要城市，它们之间的地理位置优越，交通便捷，因此企业可能会根据实际需要选择工厂的位置。此外，深圳作为中国的高科技中心之一，拥有更多的研发和创新资源，而东莞则以其制造业和供应链优势著称。因此，一些企业可能会选择在深圳设立总部或主要运营中心，同时在东莞设立生产基地以满足其业务需求。

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